Os ecossistemas ficarão fragilizados com graves consequências para as funções biológicas e climáticas das florestas. A precipitação é a principal fonte de água na bacia amazônica; cerca de 50% dessa precipitação depende da evaporação e da transpiração da cobertura vegetal. Por outro lado, cerca da metade da precipitação incidindo na bacia é transformada em descarga, indo primeiramente para os pequenos riachos, os igarapés. A trama de pequenos igarapés da bacia amazônica alimenta os grandes rios com seu fluxo de água de diferentes propriedades químicas. Por sua vez, esses igarapés são margeados por florestas que alimentam os organismos aquáticos, mostrando a íntima relação e mútua dependência entre água, floresta e organismos na Amazônia. Devido a diferenças ao longo do ano no volume da precipitação, o nível dos grandes rios flutua sazonalmente com uma amplitude da ordem de 10 metros na Amazônia Central, podendo chegar a quase 15 metros em outras áreas, implicando uma expansão da cheia de quilômetros nas planícies alagáveis marginais e suas florestas.
No pico da fase de águas baixas, as áreas alagáveis podem ser reduzidas a apenas 20% da área total inundada durante o pico das cheias. Contudo, elas contribuem com 30% do balanço total de água do canal principal do rio, pois a capacidade de estocagem das áreas alagáveis, desde que mantidas com suas florestas associadas, é bem superior à do canal principal. Em nenhum outro lugar do planeta são encontradas florestas que toleram períodos de inundação tão longos, de até 270 dias ao ano, como aquelas encontradas nas áreas alagáveis ao longo dos grandes rios amazônicos. Todos os anos, durante as cheias, quando a água invade as margens laterais, as árvores passam a fazer parte dos corpos de água por vários meses, tendo suas raízes, troncos ou mesmo as copas inteiramente recobertas pela água dos rios associados. Essa vegetação é adaptada a tal situação de inundação, compondo florestas únicas no mundo, com a maior biodiversidade registrada para esses ambientes.
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